新米PIの研究室立ち上げ日記

今週が始まりました。とは言うものの今朝は寒くて布団からなかなか出れませんでした。これからドンドン寒くなりますよね。でも、きちんと研究所には時間に間に合いました。

何時もの月曜日は比較的余裕があるのですが、今日は忙しかったですよね。そうです、お客さんがいっぱい来ました。午前中は新しく入ったスキャナーの設置で来られたFさんと色々と話しました。我が研究所にもやっとマイクロアレイのスキャナーが入りました。そこでFさんと色々と最近の研究動向に話しました。

午後から二人の訪問があって大忙しです。一人目は最近トラブル続きのリアルタイムPCRの点検、もう一人はA社のIさんと解析ソフト操作性についての意見聴取です。

リアルタイムPCRは当初、Kさんにお願いする予定でしたが、今日はKさんが急遽おやすみです。私が対応しようと思ったのですが、その前にIさんが来られました。なのでリアルタイムPCRはTさんに対応をお願いして、Iさんと会うことにしました。

最近解析していないのでそれほど大したコメントは出来なかったのですが、解析中に困ったこと、改善点を話したところ、「それがあると便利ですね、早速、開発部門に伝えます」と言ってもらえました。良いソフトなのですがユーザー側からの意見を好きなだけ思いきり言わさせてもらいました。私の意見が少しでもソフトの改善に反映すると、私としても嬉しいです。

Iさんとの面談が終わり実験室に向かうと、Tさんが、「無事業者さんが対応してくれました」と言ってくれました。詳しく話を聞くと、また、新品交換をしてくれて、今回はセットアップと何度か試運転してくれたみたいです。その結果、問題無く動いてくれたみたいなので、今度から安心して使えそうです。

今日は忙しかったですね。でも、早めに研究所を出て家の側の大学のKさんの所に向かいました。お願いしていたトランスジェニックマウスがかなり取れたみたいです。これらのマウスを今後どのように解析するかおよび何時私の研究所に移すかについて相談しました。お互いに思っていることは同じなのであっさり結論が得られました。このマウスで良い結果が出るとイイのですが・・・・・。

その後は今日の一番の楽しみの夕食です。Kさんと何処に行こうかと話していたのですが、何時も行っているラーメン屋さんの横の焼鳥屋さんが気になっていると話したら、Kさんがそこに行こうと言ってくれました。カウンターがある小さなお店でしたが、出てくる焼鳥は美味しかったですね。

はい、焼鳥は大好物です。親父と言えば焼鳥ですよね。はい、私も完全に親父です。Kさんと色々と話しながら美味しいお酒、美味しい焼鳥で楽しい時間を過ごしました。月曜日なのですがついついいっぱい飲んでしまいました。

私は歩いて帰れるのですが、Kさんは電車です。無事帰れましたかねKさんのことを心配しているのですが、私も家のカギを開けようとしてもなかなか鍵穴に鍵が入りません。本当に酔っ払ってしまいました。

月曜日からこんなので大丈夫でしょうかでも、たまには酔っ払って怠惰になるのも良いですかね。

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今日も元気いっぱい家を出ました。さて、今日のお昼は何にしましょうかね気持ち的にはマクドナルドなんですよね。Big Americaシリーズで今回はラスベガスバーガーです。取りあえず一回は食べておきたいですよね。

早速、車でマクドナルドを目指しました。急坂を登ったところで、ちょっとした渋滞です。そうなんです、マクドナルド渋滞です。時間が１２時前でちょうど悪いタイミングでした。反対側にある吉野家を見ましたが、吉野家の駐車場もいっぱいです。吉野家を諦めて、マクドナルド渋滞に貢献することにしました。

３０分ぐらい待ったでしょうかやっと自分の番がやってきました。ラスベガスバーガーのセットにしました。ポテトは脂っこいので健康のため、そしてダイエットのためサラダに変更してもらいました。

研究所について開けてみると、なんとポテトが入っていました。サラダも入っています・・・・あれですね・・・・・、きっとお店の人が間違えたんですよね。

ラスベガスバーガーを食べてみると、クリームチーズのソースが使われています。でも、前回のグランドキャニオンバーガーと同様、何がラスベガスなのでしょうかね（文句を言うんだったら食べるなって言われそうですよね）。間違って入っていたポテトもしっかり食べて、しっかり脂っこい体になってしまいました。

さて、昨日に引き続き、今日は今後トランスジェニックマウスの実験をどのように進めていくか、じっくりと考えました。考えれば考えるほど、あれもこれもやりたいことがいっぱい出てきますよね。やりたいことがあるのはイイのですが、当然必要な試薬や機器が必要となってきます。

今年度もあと二月です。そろそろ研究費が少なくなってくるころですし、確か科研費は使い切ってしまいました・・・・よね、Hさん。なので新しい機器を買う余裕はありませんし、この時期に新しい機器は買えませんよね。となると試薬を買い揃えたいですね。でも、来年度用の消耗品も買っておきたいし・・・・・、でも置く場所が無いか・・・・。

でも、取りあえず必要な試薬をリストアップしました。明日に見積もりをお願いしてどれぐらいの出費になるか調べます。いよいよ年度末、研究費の残金を気にしながら物を買わないといけません。この時期に新しいことを始めるのは我が研究室の研究費レベルでは難しいですね。来年度は研究費が増えるとイイですが・・・・・・、当たらないかな科研費・・・・。

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昨日の話しで申し訳ないのですが、金曜日の朝は必ずJ-waveのTOKYO UNITED（http://www.j-wave.co.jp/original/tokyounited/）を必ず聞いています。そこで気になるコーナーがあって、番組の最後の曲をリスナーのクリックで決めるMUSICLIKがあります。いつも良い選曲があってどちらの曲も聞きたいのですよね。

ですが、最後の曲は何時も聞けません。それは毎週金曜日はその時間にmeetingがあるのでラジオを聞くことが出来ないのです。今週はアジカンの秘蔵ライブ音源対決です（http://www.j-wave.co.jp/blog/tokyounited/2012/01/112378.html）。最近、よくアジカンの曲をラジオで聞きます。アジカンってと聞かれそうですが、ASIAN KUNG-FU GENERATION（http://www.sonymusic.co.jp/Music/Info/AKG/）です（私も知りませんでした）。

今日はレンタルレコードに行ってアジカンのCDをまとめて借りました。アジカンのことは最近知ったので全くCDは聞いたこと無いと思っていたのですが、CDジャケットを見ると、一枚だけ借りていました。それはサーフ ブンガク カマクラで、独特のジャケットで私の記憶の中にありました。そしてCDレンタルのお勧めコーナーに置いてあって、ジャケットが面白そうだということで借りたという記憶が甦ってきました。でも、音楽は完全に忘れていましたね。

サーフ ブンガク カマクラを改めて聞いてみるとなかなかイイです。まとめて借りて聞いてむるとなかなかイイです。とか、です。ライブバージョンですが良いですね。

はい、今日はアジカンを聞きながら次に何をしなければならないかじっくりと考えることが出来ました。はい、いいアイデアが浮かんできてワクワクしてきました。早速、必要な物を揃えて実験に取り掛かりましょうか。

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今日は金曜日、今週は早かったのか遅かったのか微妙な感じですね。まあ、それなりに頑張ったいたので時間は早く過ぎたのでしょうか

今まで実験室の奥の部屋にチューブ等の消耗品の段ボールを積み上げていました。ある意味で我が研究室の倉庫だったわけですが、新しく来た室長さんがその部屋を使うということで、それら段ボールの移動しなければならなくなりました。

今日は我が部屋のHさん、KさんそしてTさんの３人が揃う日です。皆で力を合わせて段ボールの移動をすることにしました。私は単純に段ボールを移動するだけと考えていたのですが、３か所に分けておくことになりました。すると３人で相談して、一人が段ボールに名前を書く係、一人がどこにどの段ボールを置くか考える係、そして、もう一人がどこに何を置いたか管理する係と役割分担をし始めました。

それぞれ適材適所でスムーズに仕事を進めていってくれます。本当に３姉妹という感じです。ただ移動させれば良いと考えていた私と大違いで、３人で移動、整理そして管理とパーフェクトです。これで場所も出来ましたし、在庫の管理も完璧です。お疲れ様でした、うちの三姉妹さん。

３人のお陰で無事移動も終了し、いよいよ今週仕込んだ実験の最後のパーを行いました。細胞を培養してウイルスで遺伝子を細胞内に導入して、ある遺伝子の発現を見る実験です。今まで多くの実験を行ってきて、それらから仮説を立てて今回の実験の行いました。なので、自分の思った通りの結果が出ると信じていました。

でも、実験はやってみないと分かりません。私の仮説が間違っていることもありますよね。それに自分の都合の良いように考えているかもしれません。実験を開始して、まずはポジコン（陽性コントロール）を調べてみると、きちんと遺伝子は発現しています。そしてネガコン（陰性コントロール）では遺伝子は発現していません。実験は上手く行っているようです。

サンプルを調べてみると遺伝子は発現していませんでした。でも、別の遺伝子を導入すると目的の遺伝子の発現が見られました。私の仮説通りの結果が出ました。長かったですね、この結果が出るまでの道のりは・・・・、でも、自分の立てた仮説から思った通りの結果が出た時の快感はたまりませんね。だから、この仕事は止められないのですよね。

でも、喜んでいられません。この結果をもとに新しい仮説を立てて、それを証明していかなければなりません。明日からまた新しい実験を開始します。まだまだ、この旅は終わりそうにありません。

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今日は思いっきり寒かったですよね。今年一番の寒さでは無かったでしょうか今日はマフラーを出して首に巻いて出かけました。

そう言えばこのマフラーもう１０年ぐらい使っているのですよね。そして、巻き方も１０年間全く同じです。ちょっと巻き方に拘りがあって、ずーっとこの巻き方です。でも、この巻き方は１０年前にお店の人に教えてもらった巻き方で、受け売りなんですが、結構、変った巻き方なんですよね。初めての人は「どうやって巻いているの」って聞いてきます。

今日はお手伝いに来てくれる人が誰もいなので、完全に自分のペースで仕事が出来ました。半分実験、半分考え事という日です。実験と言っても仕込んだだけなので結果は出てきません。明日出る予定です。はい、今回の実験は今までの総まとめみたいな実験なのでかなり期待しています。きっと、思っている結果が出る、いや出るに違いないと信じています。

今日はその次に何をすべきかをじっくり考えました。まったく、新しい実験を始めるか今日の実験と同じような方法で別の因子を調べるかあれやこれや独り言を言いながら考えました。

なかなか物事をじっくり考えるのは楽しいですよね。まあ、楽しいのも自分の思った通りの結果が出ると信じて考えているので楽しいのですよね。このままずーっと楽しい状態が続けば良いですよね。さあ、明日の結果はどうでしょうかこれがダメだったら、考えるのが楽しくなるのではなく、かなり辛くなると思います。いずれにしても、考えて考え抜かないとダメですよね。明日が楽しみです。

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最近はようやく実験が上手く行くようになってきました。研究室を立ち上げて３年近くなるので、そうならないといけませんよね。今まではデータが出る前に実験系の立ち上げで苦労していました。ここしばらくは実験をすればするだけきちんとしたデータが出るようになって、純粋にプロジェクトを進めていくためにその結果から色々なことを考えることが出来るようになりました。今までのトラブルシューティングとは明らかに違います。

でも、データは出て来て、次はこの実験をしようと考えて良いのですが、いったいどこまで実験を続けていけばいいのでしょうか「花太郎さんの仕事はどうなったら終わりなのですか」って良く聞かれます。

分かりやすいように「良い結果が出た」と簡単に言ったら、「それでおわりですか」と聞かれますが、決して終わりでは無いですよね。「論文を書いたら」終わりでしょうかいや、違いますよね。論文はある程度まとまった結果が出て、それを報告するために書くものですよね。けっして、論文を書いたら研究が終わりと言うことは無いですよね。

一体、何処までそしていつまで実験をするのでしょうか終わりはあるのでしょうかでも、死ぬまでづーっと実験が出来ると幸せですよね。そうですよね、いつまでも研究ができる体制が維持出来たら良いですね。

ふと、U2の曲を思い出しました。I Still Haven't Found What I'm Looking For（邦題：終わりなき旅）この曲も良いですよね。Youtubeのオリジナル版を貼り付けることが出来なかったのでU2とBruce Springsteenのlive版を貼り付けます。明日の口笛はこの曲に決まりです。

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今日はKさん、Hさんが出所する日です。Hさんは事務担当なのですが、今年からは実験を手伝ってもらうことにしました。年度末で色々と忙しい時期なのですが、Kさんがかなり忙しいのでHさんにも実験に加わってもらうことにしました。Hさんも生物系のバックグランドが無いのですが、センスの良さで色々な仕事をそつなくこなしてくれます。はい、Hさん、実験も期待していますよ。

今回はリアルタイムPCRを二人にお願いしました。まず、Kさんにお願いしてHさんにリアルタイムPCRの手技を見せてもらいました。飲み込みの良いHさんはすぐに手技を理解出来たみたいですが、ピペットマン操作に苦労しています。それなりにピペットマンを触ってもらっていたつもりなのですが、それほど使いこんでいないとのこと・・・・、手が痛いと大変そうです。

最近はバネの柔らかいピペットマンが出ていますよね。私とKさんは通常のピペットマン、もう一人のテクニシャンのTさんはバネの柔らかいピペットマンを使っています。Hさんは普通のピペットマンを使っていたのですが、指が痛くなるのだったら・、初めからバネの柔らかいピペットマンを使ってもれえば良かったです。

新品交換してもらったリアルタイムPCRですが、今日、Kさんが使ったらガタガタと音を立て始めました。折角、runを始めたのでしばらくそのままで動かしていましたが、やはりエラーが出ました。あれー、またとKさん困ってしまいました。再度、立ち上げなおしてrunすると今度は普通に動いてくれます。今回はなんとか無事終わってくれました。

でも、たまに御機嫌が斜めになるのは困りますよね。ダメだったらダメで、動くんだったらきちんと動いてほしいです。サンプルを用意するのも大変だし、試薬もプレートもそこそこ高いですよね。使いうちにメーカーの人が来てくれるので、きちんと調べてもらう予定です。

さて、最近ラジオで良くながれていて気になるのがこの曲、Ed SheeranのThe A teamギターとメロディーが良いですよね。ズーッと頭の中で流れています。

もう一つのヘビーローテーションがAdeleのsomeone like youです。こちらはピアノの曲なのですがメロディーが綺麗ですよね。でも、両方とも歌詞が少し悲しいので、寂しくなってしまいます。

The A teamはiTuneで購入しました。someone like youはもうすぐレンタルされると思うのでしばらくyoutubeで聞くことにします。両方とも好きです。最近、私は歩きながらこれらの曲の口笛を吹きながら歩いています。明日も口笛を吹きながら歩いていると思います。

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ここ最近、頑張らなくちゃってばかり書いていますよね。頑張らないといけないイケないのですが、気持ちに余裕が無いといけません。でも、頑張らないと頑張らないとって一所懸命です。

今朝、車を運転して研究所に向かている時に色々考えていると、ふと、なにか体から力が抜けていくことに気付きました。、いつものようにせっちゃんを聞きながら運転している時のことなんです。だらーっとした感覚が体の底から湧きあがってきました。

この２年ほどせっちゃんにハマっています。せっちゃんの曲の何がいいのでしょうかメロディ歌詞全てが良いですよね。せっちゃんの曲にはドラマがあって、曲を聞いていると風景が浮かんできますよね。でも、最近はそれ以外の何かに引かれています。今日、車を運転している時に気付いたんです。それは開放弦の音です。

ギターを弾かない人には分かりにくいと思いますが、弦を指で押さえて音程を変えるのですが、弦を押さえない時の弦の音を開放弦の音と言います。

私はギターを始めた時は（中学生の時なので今から３０年以上前です）開放弦の音はだらしない音がするので、なるべく弦を指で押さえるのが良いと教わりました。そうです、Fの指の形で弦を押さえていました。弦を指で押さえていると、押さえている指の力を抜くと音がピタッて止まります。全部の弦を押さえていると全部の弦の音がピタッて止まるので小気味いい感じがして良いと言われていました。

でも、せっちゃんの曲にはそのような小気味いい音もするのですが、開放弦のダラーっとした音が聞こえるんですよね、でもその音が気持ちいいんですよね。なんかその音を聞いていると、たまにはダラーッと気持ちに余裕を持ちことが大切だと思いましたね。

Gを押さえるのも昔は３フレットでFの押さえ方をしていました。でも、今はオープンG（開放弦）の音がカッコいいです。そう言えばこの曲にもオープンGって言っていますよね。この曲は本当にカッコいいです。

たまにはダラーっとした感じがいいのかもしれません。ということで今日はちょっとお酒を飲んでしまいました。だらーっと一日を締めくくっています。そう言えばここ最近はギターを弾いていませんね。今週末はギターを掻き鳴らしてダラーっと過ごしましょうかね。

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私はせっかちな性格のため、待つのが正直苦手です。コンピュータもシャカシャカ動いてくれないとイライラしてきます。と言うものの、新しいコンピュータを購入するのはもったいないし、なんとか簡単にコンピュータを高速化出来ないか調べてみました。

高速化ソフトの導入とかいろいろ検索にヒットしましたが、ピンときません。もう少し調べてみるとSSD　HDの導入です。確かに普通のHDで行っている書き込みの操作が無い分高速ですよね。でも、まだ十分な容量の物は無いですよね。

もう少し調べてみると、外付けSSD HDにtempフォルダーを移すと高速化が可能とのHPが見つかりました（http://magumataishi.cocolog-nifty.com/blog/2011/04/windows-7-ssd-a.html）（http://enjoypcblog.blog32.fc2.com/blog-entry-334.html）。確かにTempフォルダーに一時的にデータが書きこまれるのでアクセスが頻繁ですよね。ここにSSD化すると書きこみ速度が速くなり高速化するという理屈だと解釈しました。

もしかしたらHDへの負担も減るのだったら、HDが壊れることも少なくなりますよね。この間、HDが壊れて大変な目に会いました。ホームページを参考にtempフォルダーを外付けSSDに変更、さらにgoogle chromeのcacheも外付けSSDに変更しました。

変更したものの体感できるほど高速化はしていないようです。悪いことに色々とトラブルが起きてきました。昨日書いたようにJavaが変になりました。あれーいうことで昨日は時間切れです。

今日はその後の対策を行いました。色々原因を考えたところ、もとからあるtempフォルダーを削除していませんでした。きちんと外付けHDにtempフォルダーが出来ていたので変更出来ていると安心していたのですが、二つのtempフォルダーがあるのでコンピュータが困ったのでしょうかね。

元からあるtempフォルダーを削除して、javaをインストールし直すと無事動いてくれて、さらに昨日動かなかったFlowjoも動いてくれました。完璧です。ところが、今度はAdodeのソフト、iTunes、Dropbox、Skypeが動いてくれません。

どうやら、これらソフトは削除したもとからあるtempファイルにアクセスしていて、そのファイルを削除してしまっため動かなくなったみたいです。これらもアンインストールして再度インストールし直しました。Adode、Dropbox、Skypeも無事動いてくれるようになりましたが、ここで、今日も時間切れです。

コンピュータをいじっているとちょっと早くスムーズに動くようになったのかなと思えるのですが、昨日今日と余分な時間を使ってしまいました。この時間でいろんなことが出来ましたよね。ちょっとだけ高速化したコンピュータでこの遅れを取り戻せることが出来るのでしょうか

さて、今週はこの遅れを取り戻すために頑張りますよ。

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先日、ずぶ濡れで帰ったせいか体調もイマイチです。朝起きると節々が痛くて体も重いです。肩コリも酷くて今日は両肩に湿布を貼って研究所に向かいました。肩コリ持ちなのですが、今日の肩コリは辛いですね。どうしてと思うと、原因はリアルタイムPCRですね。

機械の性能はイイのですが、サンプルを入れる４８wellプレートが小さくて、サンプルを用意するのに結構疲れます。Kさんは息を止めてサンプルを用意しているらしくて、「苦しいー」って言っています。「そらー、息を止めたらシンドイでー」と私は笑いながら言いましたが、なかなか大変です。

と言いながらも、今日もリアルタイムPCRです。昨日、Kさんが用意してくれたサンプルがあるので早速、測定しました。肩コリのためか、目が悪くなったためかバラつきの大きな結果が出てきました。今日は一発で決めて最小限の労力で結果を出したかったのですが、疲れには勝てません。でも、気合を入れ直して再度チャレンジすると、バラつきの無い綺麗な結果が出ました。やれやれです。

場所が変ると実験が上手く行かなくことがありますよね。以前の研究所では上手く行っていたのですが、今の研究所に移ってから上手く行かなくなる実験がいくつかあります。実験をしているのは私なので手は同じですよね（老化で腕が鈍っているかもしれませんね）。機械が違いが大きいのでしょうかね

いろいろ実験の最適化をしました。今回の実験はレトロウイルスを用いて細胞に遺伝子を導入する実験です。操作ステップが多いので最適化は大変でしたが、なんとか実験に使えるぐらいにレトロウイルス感染細胞が現れました。今の研究所に移ってこんなんばっかりです。かつていた研究室に比べて結果を出すのに倍以上の時間が掛かります。まあ、そういう最適化が終わった実験系は各研究室の財産ですよね。頑張っているせいか、少しは我が研究室の財産も増えてきました。

FACSで結果を取り込みながら結果を見ていると、陽性、陰性コントロールは完璧です。さて、調べたいサンプルは微妙な感じですね。詳細な解析が必要なのでFlowjo（http://www.flowjo.com/index.php）を使って解析をしようとしましたが、ソフトが立ち上がりません。エラーを見てみるとJava（http://java.com/ja/）が動いていないようです。先日、コンピュータの高速化を行いTEMPフォルダーを外付けのSSD（http://ja.wikipedia.org/wiki/Flash_SSD）に移したのが悪かったのですかね（詳細は今度書きますね）。

頑張ってなんとかしようとしたのですがタイムアップです。続きは明日です。レトロウイルスの実験は上手く行くようになったのですが、Flowjoのトラブルです。良いことも悪いこともあった一日でした。明日はトラブルが解消できますように。

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